高溫消毒又分為高溫干熱消毒和高溫濕熱滅菌。高溫濕熱由于蒸汽潛熱大，穿透力強，容易使蛋白質變性或凝固，因此該法的滅菌效率比干熱滅菌法高。其原因有三：1)蛋白質凝固所需的溫度與其含水量有關，含水量愈大，發生凝固所需的溫度愈低。濕熱滅菌的菌體蛋白質吸收水分，所以較同一溫度的干熱空氣中易于凝固。2)濕熱滅菌過程中蒸汽放出大量潛熱，加速提高濕度。因而濕熱滅菌比干熱所需溫度低，如在同一溫度下，則濕熱滅菌所需時間比干熱短。3)濕熱的穿透力比干熱大，使其深部也能達到滅菌溫度，故濕熱比干熱收效好一些。所以高溫消毒并不是簡單的看消毒溫度，主要是看是否濕熱消毒。

    另外，從使用角度看，濕熱消毒一般控制在90℃就能達到很*的消毒效果，整個消毒過程中培養箱內的所有附件都不用取出，可以全部進行消毒；而干熱消毒為了達到較好的效果，溫度一般都在100℃以上，在這種溫度下消毒培養箱內的傳感器、HEPA過濾器等都要在消毒過程中取出，等消毒結束再裝上，這樣即麻煩，附件又不能同時消毒，而且增加二次污染的幾率，再者要達到100℃以上的高溫，培養箱的加熱系統的電熱絲必然要加粗，這會導致培養箱的溫度控制難度增加，均一性變差。所以用戶在選購二氧化碳培養箱時選擇含高溫濕熱滅菌方式的培養箱。